Taux élevé de transmission du VIH pharmacorésistant à Aruba entraînant une sensibilité réduite au traitement de première ligne recommandé par l’OMS chez près de la moitié des patients infectés par le VIH nouvellement diagnostiqués

Taux élevé de transmission du VIH pharmacorésistant à Aruba entraînant une sensibilité réduite au traitement de première ligne recommandé par l’OMS chez près de la moitié des patients infectés par le VIH nouvellement diagnostiqués

Dans les pays occidentaux, l’émergence du virus de l’immunodéficience humaine a considérablement diminué et la transmission de la pharmacorésistance s’est simplement stabilisée ces dernières années. Toutefois, dans de nombreux pays où les ressources sont limitées, les taux de résistance aux médicaments émergents et transmis ne sont pas régulièrement évalués. Déterminés en utilisant les critères de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) Critères OMS Les dynamiques de transmission ont été étudiées à l’aide d’analyses phylogénétiques. Dans un sous-ensemble, des échantillons de référence ont été réévalués à l’aide d’analyses phylogénétiques. analysé en utilisant le séquençage de nouvelle génération NGSResultsLe test de résistance en ligne a été réalisé chez des individus non traités nouvellement diagnostiqués chez:% étaient des hommes,% étaient nés à l’étranger, et% avaient un SIDA au diagnostic Et% IC%: -% une variante du VIH résistant aux médicaments NNRTIs ont atteint%% IC: -% in, tous basés sur la prévalence de la mutation. KN NGS n’a pas démontré de minorité supplémentaire de KN-variants par rapport aux tests de résistance de routine. Les souches KN-harboring ont été introduites dans la population non exposée aux traitements par des transmissions au moins indépendantes reliées épidémiologiquement aux pays environnants L’échec virologique du traitement de première intention par INNTI recommandé par l’OMS était plus élevé en présence de KNConclusions. La prévalence du VIH résistant à Aruba a atteint des niveaux alarmants, compromettant Schéma thérapeutique de première intention recommandé par l’OMS Comme la surveillance adéquate préconisée par l’OMS est limitée, la région des Caraïbes pourrait faire face à une augmentation non identifiée du VIH résistant aux INNTI

VIH-, pharmacorésistance, transmission, surveillance, thérapieVirus d’immunodéficience humaine L’infection par le VIH nécessite une thérapie antirétrovirale combinée cART pour prévenir la sélection d’une résistance et l’échec virologique Dans les pays occidentaux, les résultats d’un test de résistance génotypique de base sont pris en compte pour déterminer le traitement de première ligne. Des études ont montré que dans ce contexte, l’émergence de la pharmacorésistance du VIH a diminué et que la transmission de la résistance aux médicaments TDR s’est simplement stabilisée au cours des dernières années L’essai HPTN a démontré que les résultats de CART étaient efficaces. Ces dernières années, les efforts mondiaux ont permis d’améliorer l’accès au TARc dans les pays à revenu faible et intermédiaire . Suivant les directives de l’Organisation mondiale de la Santé, une norme régime composé de nucléoside reverse transcriptase inhi Un inhibiteur nucléotidique des INNTI et un INNTI non-NRTI ont été mis en place en tant que TARTIN initial Bien que ce régime ait démontré être très puissant, sa barrière génétique à la résistance est faible Une mutation dans le génome viral est suffisante pour provoquer une résistance élevée. Bien que l’OMS conseille d’effectuer des enquêtes régulières dans ces contextes pour surveiller la résistance , la surveillance n’a été mise en œuvre que par un nombre limité de pays en raison de contraintes de ressources et de défis logistiques. a la deuxième plus forte prévalence du VIH au monde% Aruba est un pays constitutif du Royaume des Pays-Bas et une partie relativement aisée des Caraïbes L’île densément peuplée est connue pour sa société multiculturelle avec un tiers de la population née à l’étranger, principalement dans les pays voisins ou aux Pays-Bas. La prévalence du VIH à Aruba est estimée à% HIV DATA -, Service of Maladies contagieuses, non publié Un permis de travail ou de résidence ne sera pas accordé aux immigrants testés positifs au VIH Le traitement du VIH est gratuit pour tous les individus légalement enregistrés à Aruba Depuis, des tests de résistance aux antirétroviraux sont de plus en plus pratiqués. la détection de la mutation NNRTI-KN, qui compromet l’efficacité du traitement de première ligne recommandé par l’OMS. Nous avons donc étudié la population infectée par ce variant résistant, la dynamique de transmission de ce virus et son impact sur les résultats de

Méthodes

L’hôpital d’Oduber est le seul institut à proposer une thérapie anti-VIH à Aruba. Tous les individus infectés par le VIH ayant reçu un test de résistance génotypique entre janvier et janvier ont été identifiés. Le séquençage de Sanger à l’UMC Utrecht a été interprété Tableaux IAS-USA Des données démographiques, cliniques et virologiques ont été extraites des dossiers des patients L’autorisation éthique pour cette étude a été fournie par le conseil de l’hôpital Le consentement éclairé a été obtenu auprès de tous les participants. exposition à la thérapie Les interviews des patients n’ont pas révélé d’antécédents de traitement antiviral. La prévalence du TDR était définie comme le pourcentage d’individus infectés par un virus hébergeant l’une des mutations de résistance aux médicaments de surveillance de la liste OMS. Exact, et Mann-Whitney U teste Susceptibilit Les charges virales ont été mesurées de façon systématique tous les mois. L’échec virologique VF a été déterminé comme une charge virale confirmée au-dessus des copies / mL mois après le début. de cART Un commutateur de cART a été considéré comme FV, sauf pour les commutateurs de composés uniquement NRTI et les commutateurs de tout composé au cours de la suppression virologique

Analyses phylogénétiques

Les sous-types VIH ont été déterminés en utilisant l’outil de sous-typage VIH COMET v et REGA v Toutes les séquences de sous-type B étaient alignées avec les séquences de sous-type B des Pays-Bas n = et les séquences les plus similaires Les séquences étaient longues, incluant le gène complet de la protéase et les premiers codons du gène de la transcriptase inverse. Les positions liées à la pharmacorésistance étaient exclues. Un arbre ML à vraisemblance maximale a été construit dans FastTree en utilisant le modèle GTR de substitution réversible Le modèle d’évolution de GTR a été estimé à partir de l’ensemble de données avec ModelTest Afin d’évaluer le support du clade, Shimodaira-Hasegawa a testé le ratio de vraisemblance approximatif SH-aLRT avec des pseudo-réplicats dans FastTree. tours supplémentaires de mouvements de branche Ce processus a été effectué avec des échanges de voisin le plus proche et des opérateurs de topologie arborescente subtree-prune-regraft, tels qu’appliqués dans Les clusters FastTree Transmission ont été identifiés avec ClusterPicker à partir de l’arbre ML par un support de branche élevé & gt;% et intraclade distance génétique inférieure ou égale à% Au total, nous avons identifié des clusters associés à Aruba, le support moyen des branches était% allant de% à%, et la diversité génétique moyenne était de% allant de à% Les mutations de résistance aux médicaments ont été annotées, et l’arbre a été visualisé dans Figtree http: // treebioedacuk / software / figtree /

Séquençage de nouvelle génération

Un sous-ensemble d’échantillons de base a été ré-analysé en utilisant le séquençage de nouvelle génération NGS La réaction en chaîne par polymérase nichée Le produit PCR de l’amplification initiale pour le séquençage de Sanger a été utilisé pour l’amplification en utilisant le kit de purification PCR QiaQuick. Le séquençage a été effectué sur une plateforme Illumina MiSeq en utilisant le kit de réactifs MiSeq v pour les cycles. Pour déterminer le taux d’erreur de séquençage de fond, les plasmides d’ADN de HXB et HXB avec mutant KN site-dirigé ont été inclus, directement et après l’analyse de PCR nichée a été réalisée avec DeepChek v ABL, TherapyEdge Pour chaque échantillon, la séquence de Sanger a été téléchargée en parallèle Échantillons avec couverture trop faible & lt; les lectures ont été exclues

RÉSULTATS

Des tests de résistance aux médicaments VIH ont été effectués au départ pour les individus et à l’échec thérapeutique pour les individus. De toutes les personnes nouvellement infectées par le VIH qui ont été prises en charge à Aruba, le pourcentage de test de résistance au départ a augmenté de% en la prévalence du TDR dans ce groupe était de%% d’intervalle de confiance [IC]: -% de résistance aux INTI et aux IP tous les deux%; % IC: -% était rare, mais la prévalence de la résistance NNRTI était% IC%: -% Toute résistance NNRTI était due à la mutation KN dans la région codant pour la transcriptase inverse Sa prévalence au départ a augmenté à%% IC: -% dans la figure B Parmi les individus qui ont été testés pendant l’échec thérapeutique, KN a été détecté en% /

Figure Vue largeDownload slidePourcentage de personnes nouvellement diagnostiquées entrant à l’hôpital Oduber à Aruba et ayant reçu un test de résistance à la ligne de base A et le pourcentage d’individus testés chez qui la transmission d’un variant KN a été détectée B jusqu’à la vue grandDownload slidePercentage de nouvellement diagnostiqué les individus recevant des soins à l’hôpital Oduber d’Aruba qui ont subi un test de résistance à la ligne de base A et le pourcentage d’individus testés chez qui la transmission d’un variant KN a été détectée depuis le début des tests; à la population générale à Aruba Tableau La majorité était de sexe masculin et entre et des années d’âge, ce qui était en ligne avec les données sur tous les patients nouvellement diagnostiqués VIH à Aruba VIH, – Service des maladies contagieuses, non publié maladie au moment du diagnostic Tous les patients ont été infectés par un virus du sous-type B du VIH Patients infectés par un KN -strain étaient significativement plus souvent HSH, diagnostiqué dans les années plus récentes et plus souvent diagnostiqué lors d’une infection récente sérologiquement confirmée par rapport aux patients infectés par le virus de type sauvage

Tableau Caractéristiques de base des individus ayant été testés pour la résistance aux médicaments avant l’exposition au traitement antirétroviral Totaln = Non KNn = KNn = P valeur Sexe Homme Âge au diagnostic Médiane IQR – – – Année du diagnostic Médiane IQR – – – Pays d’origine Aruba Colombie Venezuela Pays-Bas Autre voie de transmission MSMHétérosexuel contact Pays d’infection Aruba Hors Aruba Inconnue Infection récente SIDA au diagnostic Nombre de CD au diagnostic Médiane IQR – – – Log VIH Charge ARN au diagnostic Médiane IQR – – – Sous-type B Totaln = Non KNn = KNn = P valeur Sexe Homme Age au diagnostic Médiane IQR – – – Année du diagnostic Médiane IQR – – – Pays d’origine Aruba Colombia Venezuela Pays-Bas Autre Voie de transmission MSMHétérosexuel (le) Pays d’infection Aruba En dehors d’Aruba Inconnu (e) Infection récente Sida au diagnostic Numération CD au diagnostic Médiane IQR – – – Log VIH Charge ARN au diagnostic Médiane IQR – – – Sous-type B Les données sont présentées en% sauf indication contraire Abréviations: VIH, virus de l’immunodéficience humaine; IQR, intervalle interquartile; MSM, hommes ayant des rapports sexuels avec des hommesVue Une analyse phonétique de séquences a été réalisée pour étudier l’origine des séquences du sous-type B d’Aruban et déterminer la source de transmission des variants KN L’arbre ML a identifié des groupes de transmission avec une grande diversité Fait intéressant, pour les groupes, nous avons identifié des liens épidémiologiques avec les pays voisins. Le plus grand groupe était composé d’hommes HSH, vivant à Aruba. Ils sont originaires d’Aruba n =, Colombie n =, Venezuela n =, Cuba n =, Suriname n =, Pays-Bas n =, et Inde n = Mutation KN a été détectée dans les séquences de base dans ce groupe Trois cas de KN ont été identifiés pendant l’échec du traitement, dont le VIH a été diagnostiqué au Venezuela avant d’arriver à Aruba. position basale des séquences vénézuéliennes avec KN alors que l’échec de la thérapie suggère que l’origine de cette grande grappe peut être associée à un introduction externe du VIH à Aruba Le deuxième groupe était constitué de cinq individus, dont des individus d’Aruba KN ont été détectés chez des individus: le premier était une séquence basale d’un homme d’Aruba chez qui on avait diagnostiqué le VIH à Curaçao après infection par contact HSH; la seconde d’une Néerlandaise qui a indiqué être infectée à Aruba par contact hétérosexuel Les clusters restants contenaient des paires de séquences de base avec KN: HSH hollandais qui ont tous deux indiqué être infectés à Aruba et une femme originaire du VIH et diagnostiquée avec République Dominicaine et un homme d’Aruba Deux autres séquences de base simples avec KN ont été trouvées, résultant en un total d’introductions indépendantes de variantes avec KN dans la population naïve de thérapie Les séquences simples provenaient d’individus originaires d’Aruba et signalés être infectés à Aruba via HSH et contact hétérosexuel

Figure Vue grandDownload slideML arbre phylogénétique de séquences, y compris les séquences de patients Aruba marqués en rouge, les séquences de base des patients néerlandais marqués en orange et les séquences sélectionnées via Viroblast Quatre clusters avec des séquences KN sont indiqués et affichés plus en détail Bootstrap supports sont indiqués à la base des branches Les extrémités de l’arbre et les noms de séquences sont également annotés par le pays d’origine des individus marqués de différentes couleurs, selon la légende. Les noms de séquences incluent la voie de transmission signalée, le pays d’origine, le pays d’infection signalé et présence d’abréviations KN: AW, Aruba; CO, Colombie; CU, Cuba; DO, République dominicaine; FSM, femme hétérosexuelle; En Inde; HSH, hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes; MSF, homme hétérosexuel; NL, Pays-Bas; SR, Suriname; UNK, Inconnu; VE, VenezuelaFigure View largeTélécharger slideML arbre phylogénétique de séquences, y compris les séquences de patients Aruba marqués en rouge, les séquences de base de patients néerlandais marqués en orange et les séquences sélectionnées via Viroblast Quatre clusters avec des séquences KN sont indiquées et montrées plus en détail Bootstrap supports sont indiqués à la base des branches Les extrémités de l’arbre et les noms de séquences sont également annotés par le pays d’origine des individus marqués de différentes couleurs, selon la légende. Les noms de séquences comprennent le chemin de transmission signalé, le pays d’origine, le pays de infection et présence d’abréviations KN: AW, Aruba; CO, Colombie; CU, Cuba; DO, République dominicaine; FSM, femme hétérosexuelle; En Inde; HSH, hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes; MSF, homme hétérosexuel; NL, Pays-Bas; SR, Suriname; UNK, Inconnu; VE, VenezuelaLe regroupement de séquences avec et sans KN a soulevé la question de savoir si la réversion de KN en sauvage avait eu lieu chez ceux sans KN NGS a été réalisée avec succès sur / samples avec des virus de type sauvage et des échantillons témoins avec KN-virus. plasmides, le seuil de détection des variants minoritaires a été fixé à% Aucun autre variant KN minoritaire n’a été détecté chez aucun des individus testés comparé au séquençage de la population. Chez tous les patients atteints de KN au départ, NGS a confirmé la présence de cette mutation à prévalence élevée. dans la population virale variant de% à% Trois de ces patients ont probablement été infectés pendant longtemps, compte tenu de leur faible nombre de CD au moment du diagnostic, et des cellules / mm Même chez ces patients, nous n’avons trouvé aucune preuve de réversion de KNTherapy a été initié chez /% des personnes nouvellement diagnostiquées, en utilisant la première ligne d’INNTI parmi% des régimes basés sur des inhibiteurs de la protéase boostés ou des inhibiteurs de l’intégrase. en% et en% des individus, respectivement, principalement en raison de la détection de KN au départ Le suivi médian était de mois Parmi les individus commençant un régime NNRTI sous-optimal en présence de KN, FV est survenue chez / individus: a changé le composé NNRTI en mois et n’a pas atteint la suppression virologique en quelques mois Chez les individus atteints de KN qui ont initié un TARV à base d’IP pleinement actif, la FV a été observée chez un individu, avec des signes évidents de non-observance chez les individus avec un virus de type sauvage. régime à base de trois d’entre eux sélectionnés KN et ont été passés à un régime à base d’IP

DISCUSSION

les virus résistants à Aruba, nous avons effectué une analyse phylogénétique approfondie Nous avons montré que la transmission de variantes KN à Aruba était fréquemment liée à des individus originaires et / ou diagnostiqués avec le VIH dans les pays voisins. Nos données indiquent que la région pourrait être confrontée élévation non identifiée du VIH résistant La transmission accrue de variants KN pourrait être le résultat d’un échec thérapeutique important chez les individus traités par l’éfavirenz ou la névirapine. Cependant, le taux global de défaillance du traitement de première intention à Aruba est similaire à celui des Une analyse phylogénétique a révélé que des souches avec KN ont été introduites plusieurs fois dans la population naïf de thérapie, chez les HSH et chez les hétérosexuels. Une introduction s’est étendue par la suite. largement répandu dans un grand groupe Les courtes distances génétiques suggèrent un modèle de transmission ultérieure par des individus naïfs de thérapie. Il a été démontré précédemment que la transmission de virus porteurs de résistance aux INNTI est associée au regroupement Les variants résistants au temps peuvent revenir à la forme sauvage après la transmission pour gagner en virulence , limitant ainsi la propagation de la souche résistante. , nous avons précédemment montré que KN a un impact limité sur la fitness virale in vitro et la persistance à long terme de cette mutation a également été observée in vivo Dans cette cohorte nous avons observé la persistance de la mutation KN à hautes fréquences malgré la Chez les patients ayant reçu un diagnostic de virus de type sauvage selon le séquençage de la population, la persistance à long terme des variants avec KN après la transmission souligne leur potentiel menaçant de se propager largement parmi les traitements. -naive individusRegarding les conséquences pour les soins cliniques, dans notre enquête les résultats de resista Ces tests ont été signalés aux cliniciens, qui ont souvent initié un régime ajusté si KN a été détecté. Ceci limitait la possibilité d’analyses statistiques pour évaluer l’impact sur les résultats thérapeutiques. Deux des patients continuant un régime NNRTI compromis pendant plus de suppression dans notre cohorte Ceci est en ligne avec d’autres rapports montrant que l’échec virologique se produit plus fréquemment chez les patients avec TDR qui ne reçoivent pas un régime pleinement actif En outre, une accumulation rapide de la résistance a été décrite chez les patients Le traitement en ligne a entraîné la perte de futures options de traitement Chez les patients de notre cohorte présentant une maladie définissant le sida au moment du diagnostic, phénomène également observé dans les pays voisins Particulièrement chez ces patients Pour prévenir la progression de la maladie et la mortalité, une limitation de notre étude est que tous les nouveaux Des tests rétrospectifs ont été impossibles en raison de l’indisponibilité du plasma stocké Les tests incomplets étaient le résultat d’une absorption progressive des tests de résistance de base et non basés sur une sélection spécifique. Notre échantillon aléatoire comprenait plus de la moitié de tous les patients nouvellement diagnostiqués VIH -, Service des maladies contagieuses, non publié En tant que tel, nous nous attendons à ce que le biais introduit soit limitéEmergence de la pharmacorésistance du VIH au cours de la TARaC – et leurs caractéristiques initiales étaient similaires à celles rapportées dans les rapports de suivi sanitaire de tous les patients nouvellement diagnostiqués. l’utilisation a énormément diminué dans les pays occidentaux, et la transmission de la pharmacorésistance s’est simplement stabilisée ces dernières années, grâce à une surveillance étroite en laboratoire, à l’utilisation de schémas présentant une barrière génétique plus élevée à la résistance et à la surveillance. que dans un cadre sans surveillance adéquate, la prévalence de l’infection Suite à nos constatations, les autorités locales et régionales de santé publique ont été informées. Les lignes directrices locales ont renforcé les tests de résistance de base et ont remplacé la première recommandation recommandée par l’OMS. traitement à base d’inhibiteur de l’intégrase Nos données indiquent qu’il est crucial de combiner l’augmentation de la TARa dans les pays à revenu faible et moyen avec une surveillance adéquate de la résistance recommandée par l’OMS , afin de préserver l’efficacité de Si une surveillance renforcée montre que ces virus résistants aux INNTI sont plus répandus dans la région, un changement du schéma actuel de traitement de première intention par les INNTI vers un une barrière génétique plus élevée à la résistance devrait être fortement envisagée, malgré ses implications majeures pour les ressources et la logistique ics

Remarques

Remerciements Nous remercions Wouter Nijhuis et Petra van Ham pour leur contribution au séquençage de prochaine génération. Nous tenons également à remercier Luis Chong pour son rôle de soutien dans la récupération des données. Ce travail a été financé en partie par le FNR [CORE C / BM /] et une subvention éducative sans restriction fournie par Gilead EW et Td O sont financées par une subvention phare du Conseil de Recherche Médicale de la République d’Afrique du Sud MRC-RFA-UFSP – / UKZN HIVEPI Les bailleurs de fonds n’ont aucun rôle dans la conception des études, collecte de données, analyse, ou interprétation, ou préparation du manuscrit Conflits d’intérêts potentiels AMJW a reçu une subvention éducative sans restriction de Gilead pour la réalisation de l’étude et des rapports sur les subventions, les frais de voyage ou de conseil de Viiv Healthcare, Gilead, CLJI, Janssen, BMS, MSD et Virologie Education en dehors du travail soumis MN rapporte des subventions de Shanghai de Novo Pharmtech et de GSK en dehors du travail soumis Les auteurs n’ont pas de conflit à déclarer Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

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