La prophylaxie par irradiation préalable pour les adolescents et les jeunes adultes à risque d’infection par le VIH: une once de prévention vaut-elle une cure de guérison? Aux États-Unis,% des nouvelles infections chez les jeunes sont survenues chez des j

La prophylaxie par irradiation préalable pour les adolescents et les jeunes adultes à risque d’infection par le VIH: une once de prévention vaut-elle une cure de guérison? Aux États-Unis,% des nouvelles infections chez les jeunes sont survenues chez des j

Contexte La prévalence mondiale des Enterobacteriaceae produisant des β-lactamases à spectre étendu augmente rapidement à la fois dans les hôpitaux et dans la communauté. Un lien entre les bactéries productrices de BLSE chez les animaux de consommation, la viande vendue au détail et les humains a été suggéré. Nous avons maintenant étendu l’analyse avec des réplicons plasmidiques, des facteurs de virulence et des méthodes de profilage génomique hautement discriminatoires. Méthodologie Cent quarante-cinq ESBL- Les isolats EC de viande de poulet vendue au détail, de transporteurs humains et d’hémocultures ont été analysés en utilisant le typage multilocus, le phylotypage, les gènes BLSE, les réplicons plasmidiques, les gènes de virulence, le polymorphisme AFLP et l’électrophorèse en champ pulsé. lorsque leur composition génétique a été comparée A combiné Wilks lambda [Λ]: Pourtant, un modèle de prédiction basé sur les données combinées classées% des isolats humains comme isolats de viande de poulet AFLP et PFGE a montré que les isolats humains et la viande de poulet ne pouvaient pas être séparés Nous avons trouvé des similitudes génétiques significatives entre les isolats de BLSE provenant de viande de poulet et d’humains selon les éléments de résistance mobiles, les gènes de virulence et le squelette génomique. Par conséquent, la viande de poulet contribue probablement à l’émergence récente des BLSE. -EC dans les infections humaines dans la région d’étude Ceci soulève des questions sérieuses de sécurité alimentaire concernant la présence abondante de BLSE-CE dans la viande de poulet

Escherichia coli productrice de BLSE, viande de poulet, typage moléculaire, gènes de résistance, plasmides La prévalence des Enterobacteriaceae produisant des β-lactamases à spectre étendu augmente rapidement dans le monde entier Les infections à ces bactéries résistantes sont associées à une augmentation de la morbidité et de la mortalité. Au départ, les infections par des bactéries productrices de BLSE étaient presque exclusivement hospitalières. Aujourd’hui, ces infections sont de plus en plus fréquentes chez les patients de la communauté sans antécédents d’hospitalisation ou d’utilisation d’antimicrobiens On pense que le transport fécal est le réservoir le plus important de bactéries productrices de BLSE dans la communauté Une connexion entre les bactéries productrices de BLSE chez les animaux destinés à l’alimentation et chez l’homme a été proposée; Récemment, nous avons montré que la grande majorité de la viande de poulet vendue aux Pays-Bas était contaminée par des Enterobacteriaceae productrices de BLSE . On a trouvé une grande ressemblance entre les souches et les gènes de BLSE. Cela fait de la viande de poulet une source plausible de BLSE-CE chez l’homme. Les gènes BLSE sont généralement situés sur des plasmides, qui peuvent également contenir des facteurs de virulence Les gènes de résistance plasmidiques peuvent se propage clonalement avec les souches mais peut aussi se propager entre différentes souches par transfert plasmidique Les multiples niveaux de transmission rendent extrêmement complexe l’élucidation de l’épidémiologie des entérobactéries productrices de BLSE. Dans le monde entier, on observe d’énormes différences géographiques dans les gènes BLSE dominants. En ce qui concerne l’épidémiologie de E. coli, il existe clairement des différences locales. Par exemple, le ST CTX -M-positif clone BLSE-CE est une souche virulente connue qui provoque une fraction substantielle des infections associées à ESBL dans de nombreux pays Cependant, aux Pays-Bas, ce clone est rarement trouvé Les facteurs de virulence sont importants dans l’épidémiologie et la physiopathologie Les souches phylogénétiques sont associées à des facteurs de virulence et à la probabilité de provoquer diverses infections Les souches virulentes provoquant des infections extraintestinales appartiennent principalement aux groupes B et D, alors que les souches des groupes A et B sont moins souvent retrouvées sur les sites extraintestinaux. Les chercheurs ont étudié les relations entre les isolats de BLSE provenant de viande de poulet, de prélèvements humains et d’hémocultures humaines aux Pays-Bas en combinant de nouvelles données sur les gènes de virulence, les plasmides, les groupes phylogénétiques, le polymorphisme électrophorèse sur gel à champ électrophorétique PFGE avec des résultats de MLST de génotypage BLSE et de typage multilocus

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Une description détaillée des méthodes utilisées peut être trouvée dans les données supplémentaires

Collection de souches

Les isolats de BLSE-EC étudiés faisaient partie d’une collection de E. coli productrice de BLSE précédemment décrite provenant de la viande de poulet vendue au détail et d’humains dans le sud des Pays-Bas, isolés au cours de –

Caractérisation génétique des gènes ESBL

Comme indiqué précédemment , la caractérisation des gènes de résistance a été réalisée à l’aide d’un microréseau Check-Points, Wageningen, les Pays-Bas et le séquençage

Typage de séquence multilocus et distribution de groupe phylogénétique

Tous les isolats de BLSE provenant de viande, de prélèvements rectaux et d’hémocultures ont été soumis à la MLST selon la méthode décrite par Wirth et al , comme indiqué précédemment . Les résultats MLST ont été récemment utilisés pour attribuer des isolats à un E coli phylogénétique majeur. groupe par comparaison avec la base de données MLST publique http: // mlstuccie / mlst / dbs / ecoli et une base de données MLST privée DG, dans laquelle les données de séquences nucléotidiques MLST ont été utilisées pour assigner les différents types de séquences ST aux phylogroupes E coli selon plusieurs populations algorithmes d’affectation Pour les ST apparaissant dans les deux ensembles de données et affectées au même groupe phylogénétique dans chaque jeu de données ou apparaissant uniquement dans les ensembles de données, l’affectation phylogroupe correspondante a été utilisée pour les ST qui n’apparaissaient pas dans les ensembles de données. des assignations dans les jeux de données, la méthode PCR en chaîne triplex polymerase de Clermont et al , moins précise que MLST , a été utilisée pour l’attribution de phylogroupe

Caractérisation des plasmides

ADN a été nouvellement testé en utilisant la PCR en temps réel pour la présence de réplicons plasmidiques communs InqI, Frep, FIA, ColEtp, FIB, FII, R, ColE, B / O, A / C, N, P, HI, FIC, Y les amorces utilisées pour amplifier les réplicons plasmidiques ont déjà été décrites par Carattoli et al

Génotypage de la virulence

Les génotypes de virulence étendue pour les marqueurs associés aux E. coli pathogènes extra-intestinaux ont été nouvellement déterminés en utilisant des tests multiplex basés sur la PCR Le score de virulence a été calculé comme le nombre total de gènes de virulence présents dans une seule souche

Amplification Fragment Length Longueur Polymorphisme Typing

Pour une évaluation à plus haute résolution des relations de similarité entre les chromosomes entiers, un sous-ensemble d’isolats nouvellement soumis à un typage AFLP, tel que décrit par Savelkoul et al Ces isolats étaient ceux qui étaient les plus susceptibles de présenter des profils de chromosomes communs à tous les groupes de sources, c.-à-d., viande humaine par rapport à leur similitude entre groupes selon les autres caractéristiques moléculaires étudiées, évaluées par inspection, analyse discriminante voir ci-dessous ou analyse des coordonnées principales non montrée

Analyse par électrophorèse sur gel en champ pulsé

Les mêmes isolats ont également été soumis à une analyse de XbaI PFGE Profils ont été capturés et analysés en utilisant Bionumerics Applied Maths Les pulsotypes ont été définis au niveau de similarité de profil ≥% basé sur les coefficients de similarité de Dice, ce qui correspond approximativement à avec le critère de différence de bande de Tenover et al

Analyses statistiques

Les données ont été analysées à l’aide du logiciel Statistical Package for Social Sciences version SPSS Le regroupement prédictif d’isolats par source présumée en fonction de leurs caractéristiques moléculaires a été effectué à l’aide de l’analyse discriminante de la fonction. Les modèles de prédiction ont été calculés en utilisant différentes combinaisons de variables. tailles Wilks Λ, qui indique la proportion de variabilité non expliquée par le modèle, a été calculée La validation croisée a été effectuée en laissant le cas à classer hors de l’analyse, puis en le classant en fonction de l’ensemble de données n résultant. a été accepté à P & lt;

RÉSULTATS

Isolates

Les isolats d’étude BLSE-CE des Pays-Bas, dérivés de la viande de poulet n =, des porteurs humains n = et des hémocultures humaines n =, ont été confirmés comme producteurs de BLSE en fonction de leur phénotype et en séquençant les gènes BLSE

Typage de séquence multilocus

Figure A La plupart des grappes contenaient des isolats provenant à la fois de la viande de poulet et des humains Notamment, des% isolats de porteurs humains et des% isolats de culture hémisphérique regroupés avec des isolats de viande de poulet Ces résultats sont plus ou moins similaires au rapport précédent, qui contenait en grande partie les mêmes souches

Figure Vue largeTélécharger Diapositive Diagraphie minimale basée sur le typage multilocus des isolats d’Escherichia coli productrice de β-lactamase à spectre étendu A, Les groupes de sources: viande de poulet jaune, vertes porteuses et hémocultures rouge B, Les groupes phylogénétiques: A bleu foncé , B bleu clair, B cyan, D brun et E violet Les types de séquences représentatifs sont représentés par des chiffres Les lignes de liaison noires indiquent des variantes à un seul locus; les lignes de connexion grises indiquent des variantes de double locus; les lignes de liaison en pointillés indiquent les souches avec des locus ≥ différents; et l’observation indique que & gt; Les types de séquences appartiennent à clonal complexFigure View largeTélécharger la diapositive Tree span spaniel basé sur le typage de séquence multilocus des isolats d’Escherichia coli produisant des β-lactamases à spectre étendu A, Les groupes sources: viande de poulet jaune, porteurs humains verts et hémocultures B, The phylogénétique groupes: A bleu foncé, B bleu clair, B cyan, D brun et E violet Les types de séquences représentatifs sont représentés par des nombres Les lignes de liaison noires indiquent des variantes à un seul locus; les lignes de connexion grises indiquent des variantes de double locus; les lignes de liaison en pointillés indiquent les souches avec des locus ≥ différents; et l’observation indique que & gt; les types de séquences appartiennent au complexe clonal

Groupes phylogénétiques

La distribution du groupe phylogénétique des isolats provenant de porteurs humains et de viande de poulet était comparable Tableau et Figure B En revanche, les isolats d’hémoculture appartenaient significativement plus souvent au groupe B, et moins souvent au groupe B

Tableau Répartition des groupes phylogénétiques parmi les isolats d’Escherichia coli produisant la β-lactamase à spectre étendu provenant des transporteurs humains, des cultures sanguines et de la viande de poulet Groupe phylogénétique Prévalence du groupe phylogénétique, sans colonne% Transporteurs humains n = Cultures sanguines n = Viande de poulet n = A %%% Ba, b%% Ba, b%%% D%%% E% Groupe phylogénétique Prévalence du groupe phylogénétique, sans colonne% de porteurs humains n = Cultures sanguines n = Viande de poulet n = A%%% Ba, b %%% Ba, b%%% D%%% E% a Statistiquement significatif P & lt; , Fisher Variation exacte du test entre les hémocultures et les porteurs humainsb Statistiquement significatif P & lt; , Fisher variation exacte du test entre les hémocultures et la viande de poulet

Gènes ESBL

Le gène BLSE le plus prévalent était le blaCTX-M-, à la fois le pourcentage global et dans chaque groupe. Le deuxième gène BLSE le plus prévalent était blaTEM-, à la fois le pourcentage global et la viande de poulet et les isolats humains porteurs. En revanche, parmi les isolats d’hémoculture, les deuxième et troisième gènes BLSE les plus prévalents étaient blaCTX-M- et blaCTX-M-, respectivement. Dans les isolats de viande de poulet, blaCTX-M- n’a pas été détecté et blaCTX-M- des gènes% BLSE trouvés dans des isolats de porteurs humains et des gènes% BLSE trouvés dans des isolats de culture de sang ont également été trouvés dans des isolats de viande de poulet, comme indiqué précédemment

Tableau Répartition des gènes ESBL β-lactamase à spectre étendu par groupe source parmi les isolats d’Escherichia coli productrices de BLSE chez les humains et la viande de poulet ESBL Prédominance des gènes BLSE, sans colonne% a Porteurs humains n = Cultures sanguines n = Viande de poulet n = blaCTX -Mb%%% blaCTX-M-%% blaCTX-M-%% blaCTX-Mb%%% blaCTX-Mb, c%% blaCTX-M-% blaSHV-%%% blaSHV-c%% blaTEM-% blaTEM- %%% Totale a, c a, c a, c Prévalence des gènes BLSE chez les BLSE, sans colonne% a Porteurs humains n = Cultures sanguines n = Viande de poulet n = blaCTX-Mb%%% blaCTX-M-%% blaCTX- M-%% blaCTX-Mb%%% blaCTX-Mb, c%% blaCTX-M-% blaSHV-%%% blaSHV-c%% blaTEM-% blaTEM-%%% Totale a, c a, c a, c Abréviation: BLSE, Spectre β-Lactamase à spectre étendu a Les pourcentages de colonne représentent le nombre de gènes BLSE divisé par le nombre d’isolats dans le s ource groupb Variation statistiquement significative P & lt; , Test exact de Fisher entre hémocultures et viande de pouletc Variation statistiquement significative P & lt; , Test exact de Fisher entre les porteurs humains et la viande de poulet Un vecteur humain, la culture de sang et la viande de poulet isolent chacun des gènes de résistance. Par conséquent, le nombre total de gènes de résistance est supérieur au nombre d’isolats.

Plasmides

Les types de réplicon détectés présentaient une variabilité limitée de la prévalence par groupe de source, y compris une prévalence relativement élevée de FIA ​​et de ColEtp parmi les isolats d’hémoculture et de ColE parmi les humains. isolat IncI, le type de réplicon associé à blaCTX-M- , a été trouvé le plus fréquemment parmi les isolats de viande de poulet, mais était également très répandue parmi les isolats d’hémoculture et humains

Répartition des réplicons plasmidiques par groupe source parmi les isolats d’Escherichia coli produisant la β-lactamase à spectre élargi chez les humains et le plasmide de la viande de poulet Replicona Prévalence du réplicon dans le groupe source, sans colonne% de porteurs humains n = Cultures sanguines n = viande de poulet n = IncIb Frep FIAc, d ColItp FIBb, d FIIs R ColEb, c Plasmide B / O P FIC Replicona Prévalence du réplicon dans le groupe source, sans colonne% Transporteurs humains n = Cultures sanguines n = Viande de poulet n = IncIb Frep FIAc, d ColEtp FIBb, d FIIs R ColEb, c B / O P FIC a Seuls les réplicons plasmidiques détectés dans ≥ l’isolat sont représentés Les réplicons plasmidiques suivants n’ont pas été détectés: HI, N et Yb Variation statistiquement significative P & lt; , Test exact de Fisher entre les porteurs humains et la viande de pouletc Variation statistiquement significative P & lt; , Test exact de Fisher entre les hémocultures et le porteur humaind Variation statistiquement significative P & lt; , Test exact de Fisher entre hémocultures et viande de pouletVoir Grand

Gènes de virulence et scores de virulence

Le tableau supplémentaire montre la distribution par groupe de source des gènes de virulence étudiés, dont aucun n’a été détecté parmi les gènes de la virulence détectés,% ont été trouvés parmi les isolats de viande humaine et de poulet. En revanche, les gènes de virulence apparaissaient exclusivement chez les isolats de source humaine papAH, sfa / focDE, afa / draBC, afaE, bmaE, hlyD, cnf, sat, kpsM K, kpsM K et ibeA. Plusieurs gènes de virulence étaient significativement surreprésentés parmi les isolats sanguins, par exemple, les gènes adhésine papAH et iha, le gène de toxine sat, le gène de récepteur sidérophore fyuA, les gènes de capsule kpsM II et kpsM K, le gène de bactériocine usp, et les scores de virulence de pathogenicity island marker malX Aggregate plus élevé parmi les isolats d’hémoculture que parmi les isolats humains P = et les isolats de viande de poulet P =, mais ne diffère pas significativement entre ces derniers groupes Figure

Figure Vue largeTableau Diagramme des scores de gènes de virulence parmi les isolats de porteurs humains, hémocultures et viande de poulet La boîte rouge indique la médiane et les quartiles Les barres étendues indiquent les th et les percentiles. porteurs humains, hémocultures et viande de poulet La case rouge indique la médiane et les quartiles Les barres étendues indiquent les percentiles th et th

Analyse de la fonction discriminante

Le pouvoir discriminant était le plus bas en utilisant les allèles MLST Wilks Λ: et augmenté pour les groupes phylogénétiques Wilks Λ:, les gènes ESBL Wilks Λ:, les réplicons plasmidiques Wilks Λ:, et les gènes de virulence Wilks Λ: Une analyse combinée utilisant toutes les variables est montrée dans Figure Ce modèle a donné la plus haute résolution Wilks Λ: Encore, il y avait le chevauchement substantiel entre les isolats des humains et de la viande de poulet Tableau montre une série de modèles de prédiction basés sur l’analyse discriminante de fonction Le modèle combiné, qui avait le pouvoir discriminatoire le plus élevé, classait toujours les isolats humains provenant de porteurs et de cultures sanguines comme des isolats de viande de poulet, ce qui laisse supposer une possibilité de confusion entre les isolats humains et les isolats. origine de viande de poulet pour ces isolats

Modèles prédictifs de table basés sur une analyse discriminante utilisant des gènes de β-lactamase à spectre étendu, des réplicons plasmidiques, des gènes de virulence, des groupes phylogénétiques et des allèles de typage de séquence multilocus Prélèvements groupés humains Transporteurs humains Cultures sanguines Variables de la viande de poulet utilisées dans le modèle % Non% Gènes BLSE Porteurs humains Cultures sanguines Viande de poulet Replicons plasmiques Vecteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Gènes de virulence Vecteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Groupes phylogénétiques Porteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Allèles de MLST Porteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Toutes les variables Viande de poulet Prévue Adhésion au groupe Human Carrie Cultures sanguines Variables de viande de poulet utilisées dans le modèle Source réelle Total Non Non% Non% Non% Gènes de BLSE Porteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Répliques de plasmides Cultures humaines Cultures sanguines Chair de poulet Gènes de virulence Cultures humaines Cultures de sang Chair de poulet Groupes phylogénétiques viande Allèles de MLST Transporteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Toutes les variables Vecteurs humains Cultures de sang Viande de poulet Abréviations: BLSE, β-lactamase à spectre étendu; MLST, typage de séquence multilocusView Large

Figure Vue largeDownload des fonctions discriminantes basées sur des gènes de β-lactamase à spectre étendu, des réplicons plasmidiques, des gènes de virulence, des allèles de typage de séquence multilocus, et des groupes phylogénétiques Wilks Λ, indiquant la proportion de variabilité non expliquée par le modèle et la signification des fonctionsFigure View largeTélécharger Des fonctions discriminantes basées sur des gènes β-lactamases à spectre étendu, des réplicons plasmidiques, des gènes de virulence, des allèles de typage de séquence multilocus, et des groupes phylogénétiques Wilks Λ sont fournis, indiquant la proportion de variabilité non expliquée par le modèle et la signification des fonctions

Analyse AFLP et PFGE

Pour évaluer la similarité des chromosomes entre les groupes de sources, une analyse AFLP et PFGE a été réalisée pour un sous-ensemble des isolats de l’étude n =, y compris les isolats de chevauchement ci-dessus de l’analyse discriminante, plus plusieurs autres pour lesquels les profils combinés Les données montrent les dendrogrammes des profils AFLP et PFGE pour des isolats sélectionnés de ce sous-ensemble appartenant aux phylogroupes A n =, B n =, et D n =, respectivement En général, les isolats de Parmi les isolats de phylogroupe A, l’AFLP a montré que l’isolat A de culture hématologique était apparenté aux souches de viande de poulet, alors que le PFGE, considéré comme plus discriminant que l’AFLP, ne corroborait pas cette constatation. L’AFLP et le PFGE ont tous deux pris en compte les isolats A et A provenant de porteurs humains apparentés. Parmi les isolats B, AFLP et PFGE ont tous deux été identifiés comme correspondant parfaitement. Parmi les isolats de phylogroupe D, les groupes AFLP identifiés, dont les souches proviennent de la viande et d’un vecteur humain Figure PFGE identifié les mêmes groupes, mais a suggéré un degré plus faible de similitude parmi les isolats Figure

Figure Large ViewDownload polymorphisme de longueur de fragment d’amplification AFLP et électrophorèse sur gel en champ pulsé L’analyse PFGE d’isolats d’Escherichia coli productrice de β-lactamase à spectre étendu chez l’homme et la viande de poulet appartenant au phylogroupe A Les barres rouges indiquent des groupes dans lesquels les Les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: viande de poulet jaune, vecteur humain vert, hémoculture rougeFigure View largeTélécharger la diapositiveAmplification fragment polymorphisme de longueur AFLP et électrophorèse en champ pulsé Analyse PFGE de β- spectre étendu isolats d’Escherichia coli productrices de lactamase chez l’homme et viande de poulet appartenant au phylogroupe A Les barres rouges indiquent les groupes dans lesquels les profils sont séparés Les nombres derrière les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: vert plus vif, culture de sang rouge

Figure Large ViewDownload polymorphisme de longueur de fragment d’amplification AFLP et électrophorèse en champ pulsé L’analyse PFGE d’isolats d’Escherichia coli productrice de β-lactamase à spectre étendu chez l’homme et de viande de poulet appartenant aux barres rouges du phylogroupe B indique des groupes dans lesquels les profils sont séparés. Les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: viande de poulet jaune, vecteur humain greenFigure View largeTélécharger la diapositiveAmplification fragment polymorphisme de longueur AFLP et électrophorèse en champ pulsé Analyse PFGE d’Escherichia productrice de β-lactamase à spectre étendu isolats de coli provenant d’humains et de viande de poulet appartenant au phylogroupe B Les barres rouges indiquent les groupes dans lesquels les profils sont séparés Les nombres derrière les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: viande de poulet jaune, vert

Figure Large ViewDownload polymorphisme de longueur de fragment d’amplification AFLP et électrophorèse sur gel à champ pulsé L’analyse PFGE d’isolats d’Escherichia coli productrice de β-lactamase à spectre étendu chez l’homme et de poulets appartenant à des phylogroupes rouges indique des groupes dans lesquels les profils sont séparés. Les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: viande de poulet jaune, vecteur humain vert, hémoculture rougeFigure View largeTélécharger la diapositiveAmplification fragment polymorphisme de longueur AFLP et électrophorèse en champ pulsé Analyse PFGE de β- spectre étendu isolats d’Escherichia coli productrices de lactamase chez l’homme et viande de poulet appartenant au phylogroupe D Les barres rouges indiquent les groupes dans lesquels les profils sont séparés Les nombres derrière les profils PFGE sont corrélés avec les nombres derrière les profils AFLP Les cercles colorés indiquent le groupe source: vert plus vif, culture de sang rouge

DISCUSSION

Cependant, un chevauchement substantiel selon les caractéristiques chromosomiques a également été observé. Des études précédentes ont identifié la nourriture comme une source importante de E. coli dans l’intestin humain. Par exemple, dans des études connexes, la consommation par les volontaires humains d’un régime stérile pendant plusieurs semaines ont produit une diminution significative de la variabilité des sérotypes d’E. coli et de la densité des E. coli résistants aux antimicrobiens dans le microbiote intestinal, suggérant que la nourriture fournit normalement un apport continu de E coli divers. De plus, des chercheurs danois ont récemment montré que des isolats E coli géographiquement et temporellement appariés de patients atteints d’infections urinaires, d’humains vivant dans la communauté et de plusieurs sources de viande chevauchaient des groupes phylogénétiques et des phénotypes de résistance, impliquant la viande comme source de E coli chez les humains. souches pathogènes De même, une étude récente comparant chez les humains, par rapport à la volaille, les porcs et les bovins dans les pays européens ont trouvé des corrélations fortes, statistiquement significatives pour les différents groupes d’antibiotiques Notamment, pour la résistance aux céphalosporines à spectre étendu, une corrélation significative a été trouvée seulement entre humains et La volaille, impliquant la volaille comme source importante de BLSE-EC associée à l’hommeDeux études précédentes des Pays-Bas ont identifié des similitudes génétiques entre BLSE-CE chez les volailles et les humains, y compris notre étude précédente impliquant les présents isolats et une enquête similaire d’un autre groupe. La présente étude étend ces résultats, par exemple en incluant des gènes de virulence et des méthodes plus discriminatoires de typage du génome entier. Facteurs de virulence améliorer notre compréhension des voies de transmission et le développement de la maladie La plupart des isolats dans la viande de poulet et chez les humains, la teneur en facteur de virulence était faible et, par conséquent, un faible risque de développer une infection. Cependant, une faible proportion de ces isolats contenait de nombreux facteurs de virulence et était plus susceptible de provoquer des infections. plus fréquemment dans les hémocultures Il faut savoir que ce qui se trouve dans les hémocultures n’est pas le résultat d’une sélection aléatoire dans l’intestin, mais est un sous-ensemble sélectionné de souches avec une surreprésentation des souches les plus virulentes. Selon nos résultats et l’épidémiologie connue d’E. coli, nous proposons que la viande de poulet soit un réservoir important de BLSE-CE dans le tractus intestinal humain. Éléments génétiques transmissibles contenant les gènes de résistance sont probablement transférés à l’homme à la fois par l’acquisition de souches de source de poulet en soi L’utilisation abondante d’agents antimicrobiens chez les animaux destinés à la production d’aliments constitue donc une menace pour la santé humaine. Cela a récemment incité la Food and Drug Administration des États-Unis à proposer une interdiction de certaines utilisations des céphalosporines. Pour les éleveurs Cela a été fortement critiqué par les représentants du secteur vétérinaire comme une intrusion dans la pratique vétérinaire, alors que les défenseurs de la sécurité alimentaire ont dit qu’il s’agissait au mieux d’une étape mineure. chez les poulets chinois et souligne la menace potentielle pour la santé publique que pose cette voie de transmissionCette étude a quelques limites. Premièrement, le nombre d’isolats d’hémocultures était relativement faible. Deuxièmement, il s’agissait d’une zone géographique relativement limitée et d’une courte période. bien que le renforcement du lien épidémiologique des isolats limite la généralisabilité. La région étudiée est connue pour avoir des taux de résistance extrêmement faibles chez les humains et une résistance aux antibiotiques relativement élevée chez les animaux , ce qui pourrait limiter la généralisabilité. En conclusion, nous avons trouvé des similitudes significatives entre les BLSE-CE provenant de la viande de poulet vendue au détail et celle des humains. En particulier, les éléments génétiques mobiles dans la viande ont été significativement plus complexes, bien que plus complets. Bien que les isolats de culture hématopoïétique puissent être largement séparés des isolats de viande de poulet lorsque les facteurs de virulence ont été pris en compte, un chevauchement important était toujours évident. Cela suggère qu’à la fois le transfert d’éléments génétiques mobiles et le transfert direct de souches de viande de poulet probablement contribuer à l’émergence de BLSE-CE dans les infections humaines

Remarques

Remerciements Nous remercions les techniciens de laboratoire, les microbiologistes consultants et les infirmières en prévention des infections des hôpitaux participants, l’hôpital Amphia de Breda; Hôpital Lievensberg, Bergen op Zoom; Hôpital St Elisabeth, Tilburg; Hôpital TweeSteden, Tilburg, pour son aide à la collecte des données pour l’enquête sur la viande et l’enquête sur le portage fécal chez les patients hospitalisés Connie Clabots Minneapolis Veterans Affairs Medical Center a réalisé l’analyse PFGESupport financier Ce matériel est basé en partie sur les travaux du Bureau de recherche et développement, service de recherche médicale, ministère des Anciens Combattants numéro I CX à JR JPotential conflits d’intérêts Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels Conflits d’intérêts que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu de le manuscrit a été divulgué

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